Mapping - Bowtie2 & Samtools

(conda)

◆ Install(python3.8환경)

1) 가상환경 설정

>>> conda create -n [환경명] python=3.8

>>> conda env list    # 가상환경 리스트 출력

>>> conda activate [환경명]

 

2) 설치

>>> conda install bioconda::bowtie2

>>> conda install bioconda::samtools

 

◆ Usage

1. 가상환경 설정

>>> conda activate [환경명]

2. Reference Index

>>> bowtie2-build reference.fasta

 

3. Mapping

>>> bowtie2 -x reference.fasta -1 input_fwd.fastq -2 input_rev.fastq -S output_mapped.sam

 

* Single-end read의 경우

>>> bowtie2 -x reference.fasta -U input.fastq -S output_mapped.sam

 

4. Sam -> Bam 변환

>>> samtools view -Sb output_mapped.sam > output_mapped.bam

 

5. Sort 

>>> samtools sort -o output_sorted.bam output_mapped.bam

 

6. Bam Index - .bai 생성

>>> samtools index output_sorted.bam