Trimming - Trimmomatic & BBduk

(conda)

▶ Trimmomatic

◆ Install

>>> conda install bioconda::trimmomatic

 

◆ Usage

>>> trimmomatic PE input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz 

 output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz 

 output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36

 SLIDINGWINDOW:4:15

 

◆ Parameter

• MINLEN : 최소 남기는 염기 수
• LEADING : 5’부터 염기 1개씩 품질 체크
• TRALING : 3’부터 염기 1개씩 품질 체크
• SLIDINGWINDOW:n:m : n개의 염기의 품질을 검사하여 평균 품질이 m이하이면 제거

 

▶ BBduk(BBmap)

◆ Install

>>> conda install bioconda::bbmap

 

◆ Usage

>>> bbduk.sh in1=input_forward.fq.gz in2=input_reverse.fq.gz 

 out1=output_forward.fq.gz out2=output_reverse.fq.gz 

 qtrim=rl trimq=15 minlen=36 tpe tbo

 

>>> bbduk.sh in=input_R#.fq.gz out1=output_forward.fq.gz out2=output_reverse.fq.gz

qtrim=rl trimq=15 minlen=36 tpe tbo

* # : 1과 2 

 

◆ Parameter

• qtrim : trimming될 부분 / r : right, l : left, rl : right and left
• trimq : trimming quilty 기준
• minlen : 최소 남기는 염기 수
• tpe, tbo : adaptor trimming